În cele mai întunecate colțuri ale spațiului infinit, răul pur pândește... Forțele Întunecate conduse de zeul distrugerii, Bacterian, se pregătesc să lanseze un atac masiv împotriva planetei Gradius.

Posedând o putere de neoprit, Forțele Întunecate amenință să arunce Universul într-un război total și anihilare completă.

Forța lor de invazie distruge apărarea Gradius, iar planetele din jur cad repede ca piesele de domino. Acum, mâna malefică a lui Bacterian ajunge la inima rezistenței... planeta Gradius însăși...



Pentru a contracara amenințarea iminentă, Forțele Unite ale Lumii Gradius adună toate navele lor de luptă. Jumătate dintre ele formează o rețea defensivă, iar cealaltă jumătate o echipă de atac.

Dar sunt depășite numeric și Forțele Întunecate străpung cu ușurință linia lor de front subțire. Niciun luptător nu supraviețuiește măcelului...

Într-o ultimă încercare disperată, Forțele Unite ale Lumii Gradius trimit două nave de luptă, considerate anterior prea periculoase pentru misiuni de luptă: navele de luptă InterDimensional VIC VIPER.

Navele de luptă decolează spre inima întunericului pentru a se alătura luptei care va decide soarta Universului...