Valkyria Chronicles se află într-un continent fictiv care amintește de anii 1930, Europa împărțită în două și condusă de Imperiu și Federație.



Imperiul și-a propus să invadeze o mică țară neutră numită Gallia, care se află în mijlocul celor două mari imperii.



Jocul urmează un erou numit Welkin și colegii săi soldați ai plutonului 7 al Federației care luptă împotriva Imperiului, care intenționează să unifice continentul sub puterea sa.

Federația descoperă că Imperiul posedă o armă secretă, cunoscută sub numele de Valkyria- o rasă veche cu puteri speciale despre care se crede că există doar în legende. Cu această nouă descoperire, soarta capacității Federației de a câștiga războiul și speranța unui viitor mai bun stă în balanță.