A Valkyria Chronicles az 1930-as évekre emlékeztető kitalált kontinensen található, két királyságra tagolódva, amelyet a Birodalom és a Föderáció irányít.



A Birodalom azt javasolta, hogy szálljon meg egy kis, semleges, Gallia nevű országot, amely a két nagy birodalom közepén található.



A játék egy Welkin nevű hős és a Birodalommal küzdő Föderáció 7. osztagának katonatársait követi, akik egyesíteni kívánják a kontinenst az uralma alatt.

A szövetség felfedezi, hogy a Birodalom rendelkezik egy titkos fegyverrel, amelyet Valkyria néven ismernek - ősi faj, különleges erőkkel, amelyről csak a legendák szerint léteznek. Ezzel az új felfedezéssel a Föderáció háborús megnyerési képességének sorsa és a jobb jövő reménye áll egyensúlyban.