A végtelen űr legsötétebb zugaiban ott lapul a tiszta gonosz... A sötét erők a pusztítás istene, Bakterian vezetésével hatalmas támadásra készülnek a Gradius bolygó ellen.

A megállíthatatlan erő birtokában a Sötét Erők azzal fenyegetnek, hogy az Univerzumot totális háborúba sodorják és a teljes megsemmisülésbe.

Inváziós erejük tönkreteszi Gradius védelmét, és a környező bolygók gyorsan dominóként zuhannak. Most Bakterian gonosz keze eléri az ellenállás szívét... magát a Gradius bolygót...



A közelgő fenyegetés ellensúlyozására a Gradius Világ Egyesült Erői összegyűjtik az összes hadihajójukat. Felük védekező, másik fele támadócsapatot alkot.

De túlsúlyban vannak, és a Sötét Erők könnyedén áttörik vékony frontvonalukat. Egyetlen harcos sem éli túl a mészárlást…

Utolsó erőfeszítésként a United World Gradius erői két csatahajót küldenek, amelyeket korábban túl veszélyesnek ítéltek a harci küldetésekhez: az InterDimensional VIC VIPER csatahajókat.

A csatahajók felszállnak a sötétség szívébe, hogy csatlakozzanak a csatához, amely eldönti az Univerzum sorsát...