Az afganisztáni szovjet invázió új dimenziót hozott a hidegháborúba, és 1984-ben egy félszemű, protézises férfi jelenik meg az országban.

Akik ismerik, Kígyónak hívják; a legendás zsoldos, akit egykor lesodort a történelem színpadáról és kómában hagyott a Cipher amerikai titkosszolgálati hálózat.



Jellemzők:

- Snake-t Ocelot kíséri, egy régi barát, aki megmentette a támadástól, amikor végre felébredt.
- Most Snake korábbi partnerét, Kazuhira Millert tartják fogva a szovjet erők Afganisztánban.



- Snake-nek egyéni küldetést kell vállalnia, hogy megmentse Millert, és bebizonyítsa a világnak, hogy a legendás zsoldos nem halt meg.
- Ez az első lépés a bosszú útjához vezet a Rejtjel ellen, aki Kígyó oly sok emberét lemészárolta, és egy csatához, amely az egész világot érinti.